Hypatia viveu em Alexandria quando o cristianismo começou dominar as outras religiões. Nos anos próximos a 390, houve motins contra as religiões diferentes. Nessa época vivia Cyril, um líder entre os cristãos, e seu rival Orestes, o regulador civil, o qual era amigo de Hypatia. Acredita-se que Cyril espalhou boatos horríveis sobre ela para atingir seu rival. Hypatia foi atacada por uma multidão, apedrejada e morta .Mais tarde, o motim arrastou-a através das ruas. Durante todo sua infância, Theon levou Hypatia em um ambiente de idéias. Os historiadores acreditam que Theon tentou levantar o ser humano perfeito. Theon ele mesmo era um intelectual bem conhecido e professor de Matemática na Universidade de Alexandria. Theon e Hypatia tiveram uma ligação muito forte enquanto ensinou a Hypatia seu próprio conhecimento e compartilhou de sua paixão na busca para respostas do desconhecido. Enquanto Hypatia crescia e ele ficava mais velho, começou a desenvolver um entusiasmo para a matemática e as ciências (astronomia e astrologia).
A maioria de historiadores acreditam que Hypatia superou o conhecimento do seu pai ainda nova. Entretanto, quando Hypatia estava ainda sob a disciplina do seu pai, desenvolveu também para ela uma rotina física para assegurar para ela um corpo saudável para uma mente altamente funcional. Em sua educação, Theon instruiu Hypatia em diferentes religiões do mundo e ensinou-lhe como influenciar pessoas com o poder das palavras. Ensinou-lhe os fundamentos do ensino, de modo que Hypatia se transformasse uma oradora eficaz .Pessoas de outras cidades vieram estudar e aprender com ela.